El Laboratorio de Estudios Fónicos, que es coordinado por Esther Herrera Zendejas y Pedro Martín Butragueño, tiene dos líneas fundamentales de trabajo: el análisis fonético y fonológico de las lenguas indígenas de México y el estudio de la variación segmental y prosódica del español. Se combina el trabajo individual de sus investigadores asociados (profesores-investigadores, investigadores de proyecto, becarios de investigación, alumnos de postgrado, visitantes) con el colectivo, a través de proyectos y seminarios.